为构建糯玉米品种DNA指纹库，保护品种资源。利用Illumina公司研发的包含56 110个SNP标记的芯片，对50份糯玉米自交系进行基因分型。结果表明：按照SNP标记选用标准，共得到42 406个SNP标记。这些标记的杂合率均值0.04，SNP缺失率均值0.01，最小等位基因频率（MAF）均值0.4，多态性信息含量（PIC）均值0.38，基因多样性指数均值0.44。对上述获得的SNP标记设置不同数量位点筛选，确定25 000位点为核心标记位点，用于构建糯玉米自交系DNA指纹库。在25 000位点时，对50份糯玉米自交系进行SNP聚类分析，共划分为4大类群，聚类结果与品种系谱来源一致。该研究为糯玉米品种特异性和一致性的鉴定分析及品种保护发挥指导作用。