以携带细菌性果斑病菌（Acidovoras avenae subsp. citrulli）的甜瓜种子为材料，比较了不同引物、不同种子处理方式、不同浸提液及不同提取时间对细菌性果斑病菌PCR及实时荧光定量PCR检测结果的影响。结果表明：以完整带菌种子浸提液为模板进行PCR扩增，操作最简单且特异条带亮度最高，“种壳+种仁”处理次之，而以磨碎种子浸提液为模板，未能扩增出特异条带。以无菌水作为浸提液的PCR扩增效果明显优于磷酸缓冲液和液体KB培养基，浸提时间以3-12h为宜。实时荧光定量PCR检测结果与普通PCR一致。另外，在3对特异引物中，引物BX-L1/BX-S-R2的普通PCR扩增效果最佳，引物SEQID4m/SEQID5更适用于实时荧光定量PCR检测。