本研究拟通过基于基因组遗传标记的杂交优势预测分析，筛选上海白猪（上系）最优杂交配套组合，以期促进上海白猪（上系）的保种工作，为优质猪肉的生产奠定基础。本研究基于99头上海白猪（上系）与156头国内主要的引进品种（杜洛克、长白猪、大白猪、皮特兰、巴克夏猪）全基因组简化测序得到的100,120个SNP遗传标记，结合性状特异的杂种优势预测方法，利用二元杂交，三元杂交和四元杂交方式，进行了上海白猪（上系）的杂种优势预测。结果显示，二元杂交杜上（DS）、长上(LS)的杂种优势较高，三元杂交的三元杂种肉猪上长大(SLY)最好，双杂交的四元杂种肉猪杜长大上(DLYS)最优、杜上长大(DSLY)次之。上海白猪（上系）纯繁时产仔数较高、适应性较好，同时其瘦肉率也较高所以不仅可以做母本，也可做父本。针对繁殖、育肥、胴体与肉质性能等多个指标，综合考虑经营管理、成本及当前市场对优质猪肉的需求，确定上海白猪（上系）与长大二元杂种母猪的杂交组合（S×LY）为最宜的杂交配套系组合。