广西是我国栽培稻种质资源的多样性中心之一，分布有陆稻、深水稻与水稻3种不同的栽培稻生态型。这3种栽培稻生态型适应不同的农业生境，具有丰富且不同的遗传资源，有必要对其遗传多样性与遗传分化进行研究。本试验基于全基因组SNP研究了广西地区籼型陆稻、深水稻与水稻生态型的遗传多样性及其两两间的遗传分化。结果表明：上述3种生态型间总体遗传分化程度较低，遗传多样性相近，但两两生态型间存在少数高分化区间。其中，在深水稻-水稻的高分化区间富集了4个已知耐淹基因；陆稻-水稻及深水稻-水稻高分化区间富集了许多已知抗旱基因。由此可以推测，3种生态型两两间的高分化区间蕴藏着丰富的抗旱、耐淹及其他适应性基因，与其适应不同的农业生境相关。本研究结果可为栽培稻种质资源适应性基因资源的挖掘、研究和应用提供理论依据。