深紫灰色糯玉米的着色时间是影响其商业价值的重要因素之一。本研究以2个着色时间不同的深紫灰色糯玉米自交系SWL302(着色早)和SWL309(着色晚)为材料，测定其籽粒总酚、类黄酮、总花色苷含量，并分析了不同生育期的深紫灰色糯玉米籽粒6种花色苷组分的累积动态，花色苷合成代谢通路关键酶基因的表达动态。结果表明，SWL302和SWL309完熟期总酚、类黄酮、总花色苷含量差异不显著。天竺葵色素、芍药素和矢车菊色素是糯玉米籽粒呈现深紫灰色的花色苷成分，矢车菊色素和芍药素在籽粒生育期早期的快速累积导致了SWL302籽粒着色早，天竺葵色素在籽粒生育期较晚累积导致了SWL309籽粒着色晚。4-coumarate--CoA ligase-like 7、4-coumarate--CoA ligase-like 3、phenylalanine ammonia-lyase、Phenylalanine ammonia-lyase 1在SWL302生长发育前期的表达量均显著高于SWL309，chi3、a4在SWL302和SWL309不同生长发育阶段表达量各有不同。SWL302的gst1、gst24在授粉后23-31 d表达量显著高于SWL309。在育种中可以通过提高玉米籽粒生长发育前期4-coumarate--CoA ligase-like 7、Phenylalanine ammonia-lyase 1、a4基因的表达，加快矢车菊色素、天竺葵色素、芍药素的合成，在鲜食期提高gst1、gst24基因的表达，提高花色苷转运至液泡的效率，让深紫灰色糯玉米籽粒在鲜食期完全转色，提高鲜食期深紫灰色糯玉米的营养和商品价值。